Rừng xanh cận nhiệt đới Quần đảo Nansei

Quần đảo Nansei được công nhận bởi các nhà sinh thái là khu sinh thái rừng lá lớn cận nhiệt đới. Hệ thực vật và động vật của quần đảo có những tương đồng với Đài Loan, Philippines và Đông Nam Á, cũng là một phần của vùng sinh thái Indomalaya.

Rặng San hô

Dãi san hô ngầm của Lưu Cầu có tên trong danh sách 200 khu bảo tồn sinh thái của Quỹ Động vật Hoang dã Thế giới, đang bị đe doạ bởi tiến trình trầm tích dưỡng chất nông nghiệp, cũng như đang bị tàn phá do các hoạt động ngư nghiệp.